Dr. Matthias König
Profil
Zusammenfassung
Dr. Matthias König entwickelt mathematische und computergestützte Modelle der Leberstoffwechsel und -funktion, um medizinische Fragen zur Organverpflanzung, Lebertumoren und Arzneimittelwirkung zu beantworten. Er schafft dabei standardisierte Formate und Softwarewerkzeuge, mit denen biologische Modelle austauschbar, nachvollziehbar und wiederverwendbar werden – ein Schlüssel für reproduzierbare Forschung in der Systembiologie.
Skills
Stammdaten
Identität, Organisation und Kontakt aus HU-FIS.
Forschungsthemen5
CompLS - Runde 5 - Verbundprojekt: ATLAS - Al and Simulation for Tumor Liver Assessment - Entwicklung eines Systems zur klinischen Entscheidungsunterstützung in der Diagnose und Behandlung von Lebertumoren auf Basis von künstlicher Intelligenz und Simulationen - Teilprojekt B
Quelle ↗Förderer: Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt Zeitraum: 03/2023 - 12/2026 Projektleitung: Dr. Matthias König, Prof. Dr. Richard Kempter
FOR 5151 /1: Quantifizierung der Leberperfusions-Funktionsbeziehung bei komplexer Resektion - Ein systemmedizinischer Ansatz (QuaLiPerF)
Quelle ↗Förderer: DFG Forschungsgruppe Zeitraum: 07/2021 - 09/2026 Projektleitung: Dr. Matthias König
Multiskalen-Modelle für Personalisierte Leberfunktionstests
Quelle ↗Förderer: Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt Zeitraum: 01/2016 - 03/2022 Projektleitung: Dr. Matthias König
Mögliche Industrie-Partner300
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Publikationen25
Top 25 nach Zitationen — Quelle: OpenAlex (BAAI/bge-m3 embedded für Matching).
Nature Biotechnology · 546 Zitationen · DOI
Molecular Systems Biology · 306 Zitationen · DOI
Systems biology has experienced dramatic growth in the number, size, and complexity of computational models. To reproduce simulation results and reuse models, researchers must exchange unambiguous model descriptions. We review the latest edition of the Systems Biology Markup Language (SBML), a format designed for this purpose. A community of modelers and software authors developed SBML Level 3 over the past decade. Its modular form consists of a core suited to representing reaction-based models and packages that extend the core with features suited to other model types including constraint-based models, reaction-diffusion models, logical network models, and rule-based models. The format leverages two decades of SBML and a rich software ecosystem that transformed how systems biologists build and interact with models. More recently, the rise of multiscale models of whole cells and organs, and new data sources such as single-cell measurements and live imaging, has precipitated new ways of integrating data with models. We provide our perspectives on the challenges presented by these developments and how SBML Level 3 provides the foundation needed to support this evolution.
Molecular Systems Biology · 291 Zitationen · DOI
We present HepatoNet1, the first reconstruction of a comprehensive metabolic network of the human hepatocyte that is shown to accomplish a large canon of known metabolic liver functions. The network comprises 777 metabolites in six intracellular and two extracellular compartments and 2539 reactions, including 1466 transport reactions. It is based on the manual evaluation of >1500 original scientific research publications to warrant a high-quality evidence-based model. The final network is the result of an iterative process of data compilation and rigorous computational testing of network functionality by means of constraint-based modeling techniques. Taking the hepatic detoxification of ammonia as an example, we show how the availability of nutrients and oxygen may modulate the interplay of various metabolic pathways to allow an efficient response of the liver to perturbations of the homeostasis of blood compounds.
Kooperationen7
Bestätigte Forscher↔Partner-Paare aus HU-FIS — Gold-Standard-Positive für das Matching.
FOR 5151 /1: Quantifizierung der Leberperfusions-Funktionsbeziehung bei komplexer Resektion - Ein systemmedizinischer Ansatz (QuaLiPerF)
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FOR 5151 /1: Quantifizierung der Leberperfusions-Funktionsbeziehung bei komplexer Resektion - Ein systemmedizinischer Ansatz (QuaLiPerF)
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FOR 5151 /1: Quantifizierung der Leberperfusions-Funktionsbeziehung bei komplexer Resektion - Ein systemmedizinischer Ansatz (QuaLiPerF)
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